يعد مشروع زكاة الفطر من المشاريع الموسمية التي تطلقها الهيئة سنوياً، حيث أن في أدائها تطهيراُ لنفس الصائم مما علق بها من آثار اللغو والرفث، كما أنها تغني الفقراء والمساكين عن السؤال يوم العيد، فضلا عن كونها واجب على كل مسلم.

ويتم تنفيذ المشروع بالتعاون مع وزارة المالية.